繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……...
旧金山女强人律师克莱尔•库比克（阿什莉•贾德 Ashley Judd 饰）的丈夫汤姆•库比克（詹姆斯•卡维泽 James Caviezel 饰）突然被FBI抓走，送往洛杉矶附近的军事法庭秘密受审，罪名则是在服役时于萨尔瓦多杀害9名平民。震惊的克莱尔不顾一切丢下工作来到洛杉矶，雇佣了当地军事法庭律师查尔斯•格瑞姆斯（摩根•弗里曼 Morgan Freeman 饰），共同与军方指派的年轻辩护律师中尉恩布里（亚当•斯科特 Adam Scott 饰）一起为汤姆辩护。三人的调查取证遭到军方层层阻隔，甚至克莱尔的人身安全也遭严重威胁。坚信丈夫无罪的克莱尔与格瑞姆斯竭尽全力，却发现案件背后真相的复杂度远远超过了众人的想象……...
